Используйте string.Equals и скажите, чтобы он игнорировал регистр ...
var count_in = (from x in conn.Table<SoccerAvailability>().Where(x => string.Equals(x.SoccerStatus, "IN", StringComparison.OrdinalIgnoreCase)) select x).Count();
EDIT: согласно вашему комментарию я вижу, что используемый вами провайдер Linq не поддерживает string.Equals.Вы можете попробовать следующее, которое должно быть более переносимым, но, возможно, немного медленнее ...
var count_in = (from x in conn.Table<SoccerAvailability>().Where(x => x.SoccerStatus.ToUpper() == "IN") select x).Count();