Да, это ожидается.По умолчанию GitHub не собирает мусор старых объектов, поэтому они будут продолжать существовать, чтобы на них можно было ссылаться, как вы сейчас видите.Пока объект изначально существовал в репозитории, он, вероятно, все еще доступен, и любое поведение, вызванное им (например, ссылка на проблему), все еще присутствует.
И да, это хороший рабочий процесс для использованиядля тематических веток.Сведение изменений в один коммит - это обычный рабочий процесс, и если логически это всего лишь один коммит, это даже предпочтительный рабочий процесс.Если ваше изменение включает в себя логически отдельные изменения (такие как рефакторинг и новая функция), вы можете разделить их на отдельные коммиты, как это делает Git upstream.