Вы можете проверить, существует ли файл с помощью теста -f, и break, если его нет:
if [ ! -f "${pdbs}/${model}_${i}_FA.pdb" ]; then
break
fi
Ваша существующая команда cat уже считает только существующие файлы в каждой группе, потому что "${pdbs}"/"${model}"_[1-5]_FA.pdb bash выполняет здесь расширение имени файла, а не просто расширяет [1-5] до всех возможных значений. Вы можете увидеть это в следующем примере:
> touch f1 f2 f5 # files f3 and f4 do not exist
> echo f[1-5]
f1 f2 f5
Обратите внимание, что f[1-5] не расширился до f1 f2 f3 f4 f5.
Обновление
Если вы хотите, чтобы ваше выражение glob совпадало с файлами, заканчивающимися числами больше 9, синтаксис [1-n] не будет работать. Причина в том, что синтаксис [...] определяет шаблон, который соответствует одному символу. Например, выражение foo[1-9] будет соответствовать файлам с foo1 по foo9, но не foo10 или foo99.
Выполнение чего-то вроде foo[1-99] не работает, потому что это не означает, что вы думаете, что это значит. Внутри [] может содержаться любое количество отдельных символов или диапазонов символов. Например, [1-9a-nxyz] будет соответствовать любому символу от '1' до '9', от 'a' до 'n' или любому из символов 'x', 'y' или 'z', но это будет не соответствует '0', 'q', 'r' и т. Д. Или, в этом отношении, оно также не будет совпадать с заглавными буквами.
Таким образом, [1-99] не интерпретируется как диапазон чисел от 1-99, он интерпретируется как набор символов , состоящий из диапазона от '1' до ' 9 ', плюс индивидуальный символ' 9 '. Поэтому шаблоны [1-9] и [1-99] эквивалентны и будут соответствовать только символам от '1' до '9'. Второй 9 в последнем выражении является избыточным.
Однако вы все равно можете достичь желаемого с помощью расширенных глобусов, которые вы можете включить с помощью команды shopt -s extglob:
> touch f1 f2 f5 f99 f100000 f129828523
> echo f[1-99999999999] # Doesn't work like you want it to
f1 f2 f5
> shopt -s extglob
> echo f+([0-9])
f1 f2 f5 f99 f100000 f129828523
Выражение +([0-9]) представляет собой расширенное глобальное выражение, состоящее из двух частей: [0-9], значение которого должно быть очевидным на этом этапе, и включающее +(...).
Синтаксис +(pattern) является выражением extglob, что означает совпадение с одним или несколькими экземплярами pattern. В этом случае наш шаблон [0-9], поэтому выражение extglob +([0-9]) соответствует любой строке цифр 0-9.
Тем не менее, вы должны заметить, что это означает, что оно также соответствует вещам типа 000000000 Если вас интересуют только числа, большие или равные 1, вместо этого (с включенным extglob):
> echo f[1-9]*([0-9])
Обратите внимание на *(pattern) здесь вместо +(pattern). * означает совпадение ноль или более экземпляров шаблона. Что мы хотим, потому что мы уже сопоставили первую цифру с [1-9]. Например, f[1-9]+([0-9]) не соответствует имени файла f1.
Возможно, вы не захотите оставлять включенным extglob во всем вашем скрипте, особенно если у вас есть какое-либо регулярное выражение glob в другом месте вашего скрипта, которое может случайно быть интерпретировано как выражение extglob. Чтобы отключить extglob, когда вы закончите с этим, выполните:
shopt -u extglob
Здесь следует отметить еще одну важную вещь. Если шаблон glob не соответствует любым файлам, то он интерпретируется как необработанная строка и остается неизменным.
Например:
> echo This_file_totally_does_not_exist*
This_file_totally_does_not_exist*
Или, более конкретно, в вашем случае, предположим, что в вашем четвертом случае нет файлов, например, нет файлов, содержащих NpXynWT_com_340K. В этом случае, если вы попытаетесь использовать глоб, содержащий NpXynWT_com_340K, вы получите весь глобус в виде буквенной строки:
> shopt -s extglob
> echo NpXynWT_com_340K_[1-9]*([0-9])
echo NpXynWT_com_340K_[1-9]*([0-9])
Это явно не то, что вам нужно, особенно в середине вашего скрипта, где вы пытаетесь cat сопоставить файлы. К счастью, есть еще одна опция, которую вы можете установить, чтобы несоответствующие глобусы расширялись до нуля:
> shopt -s nullglob
> echo This_file_totally_does_not_exist* # prints nothing
Как и в случае extglob, в любом месте вашего сценария может возникнуть непреднамеренное поведение, если вы оставите nullglob включенным.