В терминале вы можете направить свой каталог туда, где находится ваш файл.Затем используйте эту команду:
autopep8 --in-place --aggressive --aggressive <filename>
Например:
autopep8 --in-place --aggressive --aggressive main.py
Обычно, когда вы используете терминал в VScode.Ваш каталог присутствует там, где он должен быть.Если ваш файл не находится в подпапке.
Все, что вам нужно, можно найти по адресу https://pypi.org/project/autopep8/