Похоже, что это может быть ошибка в Vega-Lite. Чтобы обойти это, вместо этого вы можете использовать кодировку непрозрачности и оставить цвет неизменным:
input_dropdown = alt.binding_select(options=['LIIDC', 'LIGIC', 'LIADC', 'LMECC', 'LIMCC', 'LTISC'])
selection = alt.selection_single(fields=['Carrera'], bind=input_dropdown, name="Filtrar")
alt.Chart(df).mark_point(filled=True, size=100).encode(
x= alt.X('Promedio de Preparatoria', scale = alt.Scale(domain=[6, 10.5])),
y= alt.Y('Resultado Ceneval', scale = alt.Scale(domain=[900, 1300])),
color=alt.Color('Carrera:N', scale=alt.Scale(scheme='dark2')),
opacity=alt.condition(selection, alt.value(0.8), alt.value(0)),
size=alt.Size('Beca Promedio', scale=alt.Scale(range=[30, 200]))
).add_selection(
selection
).properties(
width = 900,
height = 600,
title = 'Promedio de Preparatoria contra Resultado Ceneval por Carrera'
).interactive()
Другим вариантом будет добавление свойства обводки к отметке, которое будет отражено в легенде.