Мне неясно, что вы делаете. Вы говорите, что пытаетесь читать почту из Tomcat, но затем говорите, что пытаетесь запустить из командного файла. Я предполагаю (поправьте меня, если я ошибаюсь), что у вас есть ваши классы в каталоге Tomcat webapp / WEB-INF / classes, на который вы просто указываете в своем пакетном файле. В этом случае поведение Tomcat не влияет на это, это просто каталог.
Другая сбивающая с толку вещь заключается в том, что вы говорите «удаление основного метода». Если вы пытаетесь запустить программу из командной строки с помощью «java a.b.c.MyClass», тогда классу MyClass необходим правильно определенный метод main для запуска. Почему вы вставляете и удаляете основной метод?