Как конвертировать 2D DICOM-фрагменты в 3D-изображение в Python - PullRequest
Новая
       83

Как конвертировать 2D DICOM-фрагменты в 3D-изображение в Python

0 голосов
/ 23 июня 2019

В настоящее время я сижу на задаче, в которой мне нужно построить срезы DICOM в одной трехмерной модели, используя NumPy, Matplotlib, (Marchingcubes, Triangulation или Volumemodel)

Я попробовал метод с этого сайта:

https://www.raddq.com/dicom-processing-segmentation-visualization-in-python/

но, к сожалению, у меня это не сработало 

import pydicom
import numpy as np 
import os
import matplotlib.pyplot as plt
import ipywidgets as widgets
from ipywidgets import interact, fixed


filesNew = []
datenSatz = []


output_path = './Head/'
print()

def load_scan(path):
    slices = [pydicom.read_file(path + '/' + s) for s in os.listdir(path)]
    slices.sort(key = lambda x: int(x.InstanceNumber))
    try:
        slice_thickness = np.abs(slices[0].ImagePositionPatient[2] - slices[1].ImagePositionPatient[2])
    except:
        slice_thickness = np.abs(slices[0].SliceLocation - slices[1].SliceLocation)

    for s in slices:
        s.SliceThickness = slice_thickness

    return slices

for s in load_scan('./Head/'):
    h = s.pixel_array
    datenSatz.append(s) #dataSet from the patient
    filesNew.append(h) #pixel_array





def show_image(image_stack, sliceNumber):
    pxl_ar = image_stack[sliceNumber]
    #print(np.array_equal(pxl_ar,filesNew[sliceNumber]))
    plt.imshow(pxl_ar, cmap= plt.cm.gray)
    plt.show()


slider = widgets.IntSlider(min=0,max=len(filesNew)-1,step=1,value = 0, continuous_update=False)
interact(show_image, image_stack = fixed(filesNew), sliceNumber = slider);

Визуализированные фрагменты DICOM

1 Ответ

0 голосов
/ 24 июня 2019

Существует пример загрузки набора 2D-срезов CT и построения 3D-массива.

https://github.com/pydicom/pydicom/blob/master/examples/image_processing/reslice.py

Он не строит поверхность, но должен решить первую половину вашей проблемы.

...