Нет. Вам нужно выбрать один из них или ни один. Эти папки могут иметь зацепки с одинаковыми именами. Если оба вступят в силу, что должно быть вызвано?
В вашем случае по умолчанию должны вызываться хуки, определенные глобальным core.hooksPath
.
Чтобы вызвать их в $GIT_DIR/hooks
,
# for permanent
# the local config has higher precedence than the global config
git config core.hooksPath .git/hooks
git some_command
# for once
git -c core.hooksPath=.git/hooks some_command
Чтобы не вызывать ни одного,
# for permanent
git config core.hooksPath <some_path_without_hooks>
git some_command
# for once
git -c core.hooksPath=<some_path_without_hooks> some_command