Что вы описываете, это система контроля версий ?! Поэтому я не уверен, что понимаю, почему вы не захотите его установить. Вы можете очень легко реализовать локальную версию SVN / CVS и взаимодействовать с ней через свои приложения (например, добавлять новые файлы, удалять старые). Это можно делать периодически, используя запланированное задание или что-то в этом роде.
Я не слышал ни о чем другом, "простом", которое вы могли бы использовать. Я думаю, потому что это уже сделано;) Так зачем воссоздавать колесо ...
Полагаю, вы могли бы взглянуть на программный пакет резервного копирования с открытым исходным кодом. Они должны иметь некоторую логику для отслеживания изменений файлов, используемых для инкрементных резервных копий. Они, вероятно, не отслеживают изменения файла, хотя ..