Я пытаюсь визуализировать модель, которую saemix рассчитал для меня. У меня есть данные в следующей форме (есть еще переменные, но они не представляют интереса):
data.frame: 377 шт. из 12 переменных:
$ PPnumber: фактор с
126 уровней "", "FB_001", "FB_002", ..: 2 2 2 2 3 3 3 4 4 4 ...
$ ageyrs: число 13,6 14,2 14,6 15,6 14,3 ...
$ ABSSq: число 37,9 46,2 43,3 51 41,1 ...
И я пытаюсь вычислить прогноз для ABSSq для 10 из этих чисел PP в каждом возрасте. Таким образом, я смогу построить красивую линию для 10 участников, используя ggplot. Тем не менее, мне трудно получить прогнозы на saemix.
Я просмотрел документацию по saemix и обнаружил, что предсказание должно сработать, но я получаю одну и ту же ошибку снова и снова.
dat<-saemixData(name.data = mdatfull, name.group = "PPnumber",
name.predictors = "ageyrs", name.response = "ABSSq")
#this is my model
AsModel<-function(psi,PPnumber,x){
t <- x[,1]
a <- 70
b <- psi[PPnumber,1]
g1 <- psi[PPnumber,2]
fpred <- a - b*exp(-g1*(t-12))
return(fpred)
}
#and here is the fit
seamodel<-saemixModel(model=AsModel,psi0 = c(b=35,g1=2))
saemix.options<-list(map=TRUE, fim=TRUE, ll.is=FALSE, displayProgress=FALSE, seed=1)
saemix.fit1 <- saemix(seamodel, dat, saemix.options)
#but here is where I run into problems
pframe1SAEM<-with(mdatplotSAEM,expand.grid(PPnumber=unique(PPnumber),ageyrs=seq(12,18,0.1)))
pframe1$ABSSq<-predict(saemix.fit1,pframe1SAEM,type="ipred") ## here the error occurs
Я получаю ту же ошибку
Error in `[.data.frame`(newdata, "data") : undefined columns selected
И я не смог понять, что именно я делаю неправильно. Любая помощь будет очень признательна.