FTP может использовать SSL, который поддерживает аутентификацию клиента с использованием сертификатов X.509.Однако, хотя многие FTP-серверы поддерживают FTPS, я не знаю ни одного, который бы поддерживал клиентские сертификаты.(Кроме того, аутентификация клиента сложна в SSL - во многих случаях вам придется создавать и поддерживать свой собственный центр сертификации и прочее. Не многие клиенты также поддерживают этот вид аутентификации.)
Намного прощеиспользовать SFTP, протокол передачи файлов SSH.Он использует те же ключи, что и "обычный" SSH.В Windows WinSCP и FileZilla поддерживают SFTP.