Если вы настроили свое веб-приложение Java для поддержки аутентификации NTLM, например, с помощью HttpServletFilter из библиотеки Java Samba это должно работать без реализации какого-либо клиентского JavaScript.
В зависимости от того, какой браузер использует клиент, вам, возможно, придется настроить браузер так, чтобы он включал проверку подлинности NTLM на вашем сервере. Если я не ошибаюсь, IE по умолчанию настроен на прозрачную аутентификацию NTLM на серверах в локальной сети, но в Firefox вы должны включить NTLM для каждого конкретного адреса сервера.