с петлей?
edit : в универсальном случае загрузка только файлов будет выглядеть следующим образом:
import os
for root, dirs, files in os.walk('path/to/local/dir'):
for fname in files:
full_fname = os.path.join(root, fname)
ftp.storbinary('STOR remote/dir' + fname, open(full_fname, 'rb'))
Очевидно, вам нужно следить за конфликтами имен, если вы просто сохраняете имена файлов, подобные этой.