Вы можете получить координаты x и y при нажатии, написав обратный вызов, который вызывается при изменении выбора. Индексы выбранных в данный момент глифов можно найти в source.selected.indices. Эти индексы могут быть использованы для получения координат x и y из source.data. Этот фрагмент кода печатает координаты x и y в консоли вашего браузера (F12).
from bokeh.models import ColumnDataSource, TapTool, CustomJS
from bokeh.plotting import figure, output_file, show
output_file("openurl.html")
p = figure(plot_width=400, plot_height=400,
tools="tap", title="Click the Dots")
source = ColumnDataSource(data=dict(x=[1, 2, 3, 4, 5], y=[2, 5, 8, 2, 7]))
p.square('x', 'y', color='green', size=20, source=source)
callback = CustomJS(args=dict(source=source), code="""
var selectedIndex = source.selected.indices;
for (var i = 0; i < selectedIndex.length; i++) {
console.log("Index:", selectedIndex[i]);
console.log("x:", source.data['x'][selectedIndex[i]]);
console.log("y:", source.data['y'][selectedIndex[i]]);
}
""")
taptool = p.select(type=TapTool)
source.selected.js_on_change('indices', callback)
show(p)