Создать csr_matrix для использования в k-medoids - PullRequest
Новая
       21

Создать csr_matrix для использования в k-medoids

0 голосов
/ 23 июня 2019

Я пытаюсь использовать алгоритм PAM k-medoids.Данные, которые должны быть сгруппированы, формируются в 2D матрице и сохраняются в CSV-файле.Как читать данные csv в csr_matrix.
Я написал следующий код, но он не дал мне матрицы.Вместо этого я получаю список списков.Кроме того, как создать csr_matrix из нормальной матрицы data для передачи в алгоритм k-medoids. 

datafile = open('...\\DisMatrix_Drug.csv', 'r')
datareader = csv.reader(datafile, delimiter=';')
for row in datareader:
   data.append(row)
# Code to create scr_matrix
data1 = 116
l = []
for i in range(data1):
    l.append((i for x in range(data1)))
row_ind = np.array(l)
col_ind = np.array(l)
data2 = np.array([c for c in data], dtype=float)
mat_coo = sparse.coo_matrix((data2, (row_ind, col_ind)))

К сожалению, я получаю следующее сообщение об ошибке:

Ошибка в строке: mat_coo = sparse.coo_matrix ((data2, (row_ind, col_ind)))

TypeError: '> =' не поддерживается между экземплярами 'generator' и 'generator'

Как решить эту ошибку?

...