Python вызывает исключение "SystemExit: 1" для "sys.exit (1)" - PullRequest
0 голосов
/ 30 апреля 2019

Я запускаю пример python для simpleitk по этой ссылке https://simpleitk.readthedocs.io/en/master/Examples/ImageRegistrationMethod1/Documentation.html

в шпионской анаконде.

Я установил пакеты simpleitk, system, os через Anaconda Prompt.

from __future__ import print_function

import SimpleITK as sitk
import sys
import os


def command_iteration(method) :
    print("{0:3} = {1:10.5f} : {2}".format(method.GetOptimizerIteration(),
                                   method.GetMetricValue(),
                                   method.GetOptimizerPosition()))

if len ( sys.argv ) < 4:
    print( "Usage: {0} <fixedImageFilter> <movingImageFile> <outputTransformFile>".format(sys.argv[0]))
cc


fixed = sitk.ReadImage(sys.argv[1], sitk.sitkFloat32)
print(sys.argv[1])
moving = sitk.ReadImage(sys.argv[2], sitk.sitkFloat32)

R = sitk.ImageRegistrationMethod()
R.SetMetricAsMeanSquares()
R.SetOptimizerAsRegularStepGradientDescent(4.0, .01, 200 )
R.SetInitialTransform(sitk.TranslationTransform(fixed.GetDimension()))
R.SetInterpolator(sitk.sitkLinear)

R.AddCommand( sitk.sitkIterationEvent, lambda: command_iteration(R) )

outTx = R.Execute(fixed, moving)

print("-------")
print(outTx)
print("Optimizer stop condition: {0}".format(R.GetOptimizerStopConditionDescription()))
print(" Iteration: {0}".format(R.GetOptimizerIteration()))
print(" Metric value: {0}".format(R.GetMetricValue()))

sitk.WriteTransform(outTx,  sys.argv[3])

if ( not "SITK_NOSHOW" in os.environ ):

    resampler = sitk.ResampleImageFilter()
    resampler.SetReferenceImage(fixed);
    resampler.SetInterpolator(sitk.sitkLinear)
    resampler.SetDefaultPixelValue(100)
    resampler.SetTransform(outTx)

    out = resampler.Execute(moving)
    simg1 = sitk.Cast(sitk.RescaleIntensity(fixed), sitk.sitkUInt8)
    simg2 = sitk.Cast(sitk.RescaleIntensity(out), sitk.sitkUInt8)
    cimg = sitk.Compose(simg1, simg2, simg1//2.+simg2//2.)
    sitk.Show( cimg, "ImageRegistration1 Composition" )

При запуске этого кода он выдает ошибку после ошибки Использование: E: /registration/simpleitk.py Возникла исключительная ситуация, используйте% tb для просмотра полной трассировки.

SystemExit: 1

C: \ Users \ Abc \ AppData \ Local \ Continuum \ anaconda3 \ Lib \ сайт-пакеты \ IPython \ ядро ​​\ interactiveshell.py: 3275: UserWarning: Для выхода: используйте «exit», «quit» или Ctrl-D. предупредить («Для выхода: используйте 'exit', 'quit' или Ctrl-D. ", stacklevel = 1)

Как я могу исправить эту ошибку?

1 Ответ

0 голосов
/ 02 мая 2019

Я подозреваю, что скрипт не может загрузить изображение при вызове sitk.ReadImage.Ожидается, что имя файла будет указано в переменной sys.argv [1].Сценарий предназначен для запуска в командной строке с фиксированным именем файла изображения, именем файла движущегося изображения и именем файла выходного преобразования, указанными в качестве аргументов командной строки.

Если вы не можете указать аргумент командной строкив Spyder (я не знаю, я не знаком с ним), вы можете жестко закодировать имена файлов в скрипте.

Если у вас есть дополнительные вопросы о SimpleITK, я предлагаю проверить дискурс ITK,discourse.itk.org.

...