Я использовал пакет adegenet с функцией sPCA, чтобы понять, есть ли географические закономерности в моих генетических данных.
vcf<- read.table("AMZ.012") #samples per line
vcf_m<-as.matrix(vcf)
# Add coordinates of samples
xy <-read.table("CoordAMZ_m.csv", sep=",") #geo coordinates for each sample
Матрица "vcf" имеет 0 и 1 (1 означает, что информация есть, а 0 означает, что информации нет), в каждой строке представлен отдельный образец, как в следующем примере:
0 1 0 1
1 1 0 1
1 1 0 0
Я запустил sPCA, используя пакет adegenet в R, следуя примеру:
mySpca <- spca(vcf_m, xy, ask=FALSE, type=5, scannf=FALSE)
Результат был:
This function is now deprecated. Please use the 'multispati' function in the 'adespatial' package.
Я пытался использовать эту новую функцию, но я понятия не имею, как я могу использовать то же самое, что реализовано в sPCA, и получить аналогичные результаты. Я ожидаю чего-то подобного в этом файле PDF (http://adegenet.r -forge.r-project.org / files / tutorial-spca.pdf ), стр. 7.
Я был бы очень рад, если бы кто-нибудь мог мне помочь.
Спасибо.