У вас не должно возникнуть проблем с этим, просто убедитесь, что вы предприняли надлежащие шаги для аутентификации и авторизации службы, поскольку вы не хотите, чтобы кто-либо запускал произвольный процесс на этой машине.
Как правило, у вас есть несколько вариантов размещения службы WCF. Вы можете разместить его в любой среде .NET, а также есть специальная поддержка для размещения служб WCF в IIS.
Хороший обзор доступных вариантов хостинга см. В статье на MSDN под названием «Хостинг и использование служб WCF»:
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/bb332338.aspx