Примечание: Я рекомендую удалить ранее установленный пакет IGV перед выполнением следующих шагов, чтобы избежать конфликтов.Просто выполните:
$ sudo apt remove --purge igv
Сначала вам нужно установить как минимум Java 11 (из-за несовместимости с предыдущими версиями).
Установка JRE / JDK по умолчанию
Самый простой вариант установки Java - использовать версию, поставляемую с Ubuntu.По умолчанию Ubuntu 18.04 включает Open JDK, который является вариантом JRE и JDK с открытым исходным кодом.
Чтобы установить эту версию, сначала обновите индекс пакета и обновите свою систему:
$ sudo apt update && apt upgrade
Далее, проверьте, установлена ли уже Java:
$ java -version
Если Java не установлена в данный момент, вы увидите вывод, подобный следующему:
bash: java: Command not found.
Выполните следующую команду для установки OpenJDK:
$ sudo apt install default-jre
Эта команда установит среду выполнения Java (JRE).После этого вы сможете запустить почти все программное обеспечение Java.
Теперь проверьте установку с помощью:
$ java -version
Вы увидите следующие выходные данные (версии могут отличаться):
openjdk version "11.0.3" 2019-04-16
OpenJDK Runtime Environment (build 11.0.3+1-Ubuntu-3ubuntu1)
OpenJDK 64-Bit Server VM (build 11.0.3+1-Ubuntu-3ubuntu1, mixed mode)
Следующим шагом является загрузка IGV и разархивирование файла в любое место по вашему выбору (например, /opt).
Затем откройте этот каталог в терминале (через «Открыть в терминале» ) или запустите терминал и переключитесь на каталог с помощью команды cd (имя каталога может отличаться):
$ cd /opt/IGV_Linux_2.5.0
Чтобы запустить IGV (из командной строки), выполните следующее:
$ java --module-path=lib -Xmx4g @igv.args --module=org.igv/org.broad.igv.ui.Main
В качестве альтернативы, вы можете запустить IGV с помощью скрипта igv.sh внутри IGV_Linux_2.5.0каталог.Возможно, вам придется сначала выполнить скрипт, набрав:
$ sudo chmod a+x igv.sh
Примечание: Командная строка стала более сложной в Java 11 по сравнению с предыдущими версиями.