создание итеративных именованных списков с именами переменных, в том числе с операторами

Question

решаемые

pheno_vector = c("PAX5+PDL1-", "CD3+CD8+PD1-", "CD3+CD8-PD1+")
n = length(pheno_vector)
for (i in 1:(n-1)){
  for (j in (i+1):n){
    pheno1 = pheno_vector[i]
    pheno2 = pheno_vector[j]
    pairs = list(c(pheno1, pheno2))

    colors = c("cyan", "magenta")
    names(colors) = c(pheno1,pheno2)
    print(colors)

производит

               PAX5+PDL1- CD3+CD8+PD1- 
                "cyan"    "magenta" 
               PAX5+PDL1- CD3+CD8-PD1+ 
                "cyan"    "magenta" 
             CD3+CD8+PD1- CD3+CD8-PD1+ 
                "cyan"    "magenta"

---

У меня проблема с созданием именованного списка, в котором имена должны иметь возможность многократного изменения, но должны быть вставлены для визуального построения.

Я работаю с данными Vectra Imaging, связанными с фенотипами клеток.

Поскольку существует несколько фенотипов, я хочу итеративно создавать пары фенотипов, чтобы визуально составлять графики, как показано в примере в https://rdrr.io/github/PerkinElmer/phenoptr/man/spatial_distribution_report.html

В настоящее время мой код, адаптированный к моим данным, выглядит следующим образом

pheno1 = "PAX5+PDL1-"
pheno2 = "CD3+CD8+PD1-"
pairs = list(c("PAX5+PDL1-", "CD3+CD8+PD1-"))
colors = c('PAX5+PDL1-'="cyan", 'CD3+CD8+PD1-'="magenta")
colors

Это возвращает

>  PAX5+PDL1- CD3+CD8+PD1- 
>     "cyan"    "magenta" 

Пары и цвета используются для составления графиков. Теперь я хочу итеративно составить графики для большего количества пар фенотипов, которые у меня есть в данных. В конце я хотел бы использовать цикл for для pheno1 и цикл for для pheno2, полученный из общего фенотипического вектора pheno_vector, который содержит.

То, что я пробовал, это

pheno1 = "PAX5+PDL1-"
pheno2 = "CD3+CD8+PD1-"
pairs = list(c(pheno1, pheno2))
colors = c(pheno1="cyan", pheno2="magenta")
colors

Который возвращает

>     pheno1     pheno2 
>     "cyan"    "magenta" 

Я понимаю, почему я вижу pheno1 и pheno2, а не "PAX5 + PDL1-" и "CD3 + CD8 + PD1-". Я попробовал некоторые методы вставки и eval, как в Создать имя переменной с «вставкой» в R? , но это не сработало.

Assign("PAX5+PDL1-", "cyan")

не сработает, так как я не знаю, как превратить его в именованный список.

В конце я хотел бы получить это в результате

pheno_vector = c("PAX5+PDL1-", "CD3+CD8+PD1-", "CD3+CD8-PD1+")
for (pheno1 in pheno_vector){
 for (pheno2 in pheno_vector){
  if (uniqueness_statement and permutation_statement){
     pairs = list(c(pheno1, pheno2))
     colors = c(pheno1="cyan", pheno2="magenta")
     colors

Который должен вернуть

>     PAX5+PDL1-     CD3+CD8+PD1- 
>     "cyan"             "magenta" 
>     PAX5+PDL1-     CD3+CD8-PD1+ 
>     "cyan"              "magenta" 
>     CD3+CD8+PD1-   CD3+CD8-PD1+
>     "cyan"           "magenta" 

Так что это списки с конкретными именами, которые они должны использовать для последующего построения.

У кого-нибудь есть решение для этого?

Answer 1

Вы можете назвать colors -вектор после его создания:

library(gtools)

pheno_perms <- permutations(length(pheno_vector), 2, pheno_vector)
combs <- apply(apply(pheno_perms, 1, sort), 2, paste0, collapse=' ')
pheno_perms <- pheno_perms[match(unique(combs), combs), ]

for (i in 1:nrow(pheno_perms)){
  pheno1 <- pheno_perms[i, 1]
  pheno2 <- pheno_perms[i, 2]
  pairs = list(c(pheno1, pheno2))
  colors = c("cyan", "magenta")
  names(colors) <- c(pheno1, pheno2)
  print(colors)
}

Это производит:

CD3+CD8-PD1+ CD3+CD8+PD1- 
      "cyan"    "magenta" 
CD3+CD8-PD1+   PAX5+PDL1- 
      "cyan"    "magenta" 
CD3+CD8+PD1-   PAX5+PDL1- 
      "cyan"    "magenta" 

П.С .: Надеюсь, я правильно истолковал, что вы подразумеваете под uniqueness_statement и permutation_statement!