Для зонтичных приложений вам нужно явно запустить миграцию внутри приложения, в котором находится репо. Это связано с тем, что в зонтичных приложениях у вас может быть несколько приложений, все с несколькими репозиториями, поэтому генератор не будет знать, для какого приложения он будет запущен, поэтому вам придется запускать его в этом приложении.
cd apps/my_app_name && mix ecto.gen.migration create_users