Возможно, это не то, что вы ищете, но вы всегда можете использовать конвертер FXML в java для создания абстрактного класса.
Тогда у вас есть контроллер для файла xml, расширяющий абстрактный класс, вам придетсяудалите метод initialize (он больше не нужен) и измените аннотацию @FXML для любых методов, обрабатывающих события, на @ Overrides.
Также вам больше не понадобятся поля с аннотацией @FXML, поскольку все элементы управления будутдоступны через абстрактный базовый класс.Если вы используете Netbeans, есть плагин, который делает это доступным через портал плагинов, или здесь можно найти отдельный файл jar: https://www.tutorialon.com/p/fxmltojavaconverter.html
Тогда вместо загрузки fxml вы просто используете конструктор класса.Например, если корневым элементом в вашем FXML является BorderPane, вы должны использовать что-то вроде
BorderPane borderPane = new MyClass();