Как правило, не рекомендуется работать в одном и том же непонятном хранилище (то есть в одном и том же каталоге) между двумя разными системами, использующими общий диск. Удаленные файловые системы, даже такие системы, которые вы используете с Virtualbox, не имеют тенденцию предоставлять богатые возможности блокировки и функциональности, которые хочет использовать Git, и это особенно верно, когда вы делитесь между Windows и Linux.
Лучше использовать отдельный клон в Windows и Linux и использовать общий открытый репозиторий, который вы можете извлекать и извлекать по требованию (а не одновременно). Это предотвратит обязательную блокировку, которую программы Windows делают для многих файлов, для вашей проверки Linux, что является частью происходящего здесь.