Похоже, это может произойти, если файлы создаются в исходной папке, а не в папке сборки. Я думаю CMake рассматривал (созданные) файлы, которые он нашел, как исходные файлы - или, по крайней мере, не создавал файлы (см. Комментарий @ Цыварева), поэтому их нельзя удалять / изменять.