Ваши установки opam и ocaml серьезно устарели.Последняя версия OCaml - 4.07.1, а последняя версия opam - 2.0.4.К сожалению, дистрибутивы Linux часто не очень актуальны, и, насколько я понимаю, пакеты, опубликованные для opam v2, несовместимы с opam v1.x.
Попробуйте установить последнюю версию opam, выполнив руководство по установке .Затем, используя opam, установите более новую версию OCaml, и вы сможете получить последнюю версию why3.
Рекомендуется управлять вашими установками OCaml и связанными пакетами с помощью opam, а не устанавливать их глобально, посколькуэто может потенциально привести к беспорядочной путанице нарушенных зависимостей с течением времени.