Цитаты не генерируются в RMarkdown - PullRequest
Новая
       24

Цитаты не генерируются в RMarkdown

0 голосов
/ 13 марта 2019

новый для Stackoverflow и относительно новый для написания документов в RMarkdown. У меня есть большинство других вещей, однако, я не могу генерировать цитаты и библиографию в RMarkdown. Для приведенного ниже примера кода я использовал синтаксис \ cite {REFNAME}, а также [@REFNAME]. [@REFNAME] даже не позволяет сгенерировать документ, \ cite {} генерирует документ, но цитата - [?], А ссылка не указывается после раздела #References.

Я просмотрел этот сайт и не могу предложить предлагаемые исправления. Я надеюсь, что ошибка, которую я показываю после разделов кода, скажет кому-то, что на самом деле ошибка. 

---
title: "Title for my document"
date: "`r format(Sys.Date(), '%d %B, %Y')`"
output:
   pdf_document:
     fig_caption: yes
     keep_tex: true
     number_sections: true
geometry: margin=0.5in
header-includes: \usepackage{float}
urlcolor: blue
bibliography: bibliography_file.bib
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)

knitr::knit_hooks$set(mysize = function(before, options, envir) {
if (before) 
return(options$size)
})

```

text written \cite{neil_increasing_2008} more text written


# References

Моя запись в файле .bib выглядит следующим образом 

@article{neil_increasing_2008,
title = {Increasing incidence of legionellosis in the {United} {States}, 
1990-2005: changing epidemiologic trends.},
volume = {47},
journal = {Clinical Infectious Diseases},
author = {Neil, K. and Berkelman, R.},
year = {2008},
pages = {591--599}
}

Ошибка:

Предупреждающее сообщение: LaTeX Warning (s): Citation `neil_increasing_2008 ' на странице 1 undefined на входе lin Были неопределенные ссылки.

Если я использую [@ neil_increasing_2008] вместо \ cite {}, генерируется следующая ошибка, и документ также не генерируется

pandoc-citeproc: невозможно декодировать байт '\ x87': Data.Text.Internal.Encoding.Fusion.streamUtf8: неверный поток UTF-8 pandoc.exe: ошибка при запуске фильтра pandoc-citeproc Фильтр вернул ошибку ошибка статуса 1: преобразование документа pandoc завершилось ошибкой 83 Исполнение остановлено

...