Чтобы добавить составной ключ в существующую таблицу, используйте код:
ALTER TABLE `Branch Employee`
ADD PRIMARY KEY (BranchID,Employee ID)
Вы правы, что каждый столбец в таблице Сотрудник филиала должен быть внешним ключом, так как значения используются в других таблицах,Без внешнего ключа можно было бы ввести сотрудников и филиалы, которые не существуют, в соответствующих таблицах
Создать внешние ключи следующим образом
ALTER TABLE `Branch Employee`
ADD FOREIGN KEY (EmployeeID_FK) REFERENCES Employee(EmployeeID);
ALTER TABLE `Branch Employee`
ADD FOREIGN KEY (BranchID_FK) REFERENCES Branch(BranchID);
Отредактировано с учетомКомментарий Раймонда:
Порядок столбцов в составном ключе имеет значение, поскольку кластеризованный индекс будет создан с первичным ключом.Наиболее селективный (наиболее запрашиваемый) столбец из двух должен идти первым, а затем менее селективным вторым.Правильный или неправильный порядок будет зависеть от запросов, выполняемых к таблице