Чуть более общий выбор всех остальных столбцов:
df = pd.DataFrame({'A':[1,2,3], 'B':[4,5,6],
'C':[7,8,9], 'D':[10,11,12]})
df_half = df.iloc[:, ::2]
с df_half
:
A C
0 1 7
1 2 8
2 3 9
Затем можно использовать метод переименования, упомянутый в ответе @G,Андерсон или непосредственно присваивает столбцам:
df_half.columns = ['X','Y']
, возвращая:
X Y
0 1 7
1 2 8
2 3 9