BayesFactor anovaBF синтаксис

Question

Я хочу получить байесовские коэффициенты для ANOVA, которые аналогичны классическим F-тестам, и я просто хочу убедиться, что правильно понимаю, как написать синтаксис, особенно в отношении идентификаторов субъектов.

Например, у меня есть независимые переменные между субъектами a_between и b_between и переменные внутри субъекта c_within и d_within, зависимая переменная values, с subject_id для идентификации каждого субъекта; в наборе данных my_data.

Если я правильно понимаю, для полной ANOVA я должен использовать:

anovaBF (значения ~ a_between * b_between * c_within * d_within + subject_id, data = my_data, whichModels = "bottom", whichRandom = "subject_id") # и я предполагаю, что порядок переменных не имеет значения, например, это также может быть d_within * a_between * c_within * b_between + subject_id

Для ANOVA только внутри субъекта я должен использовать:

anovaBF (значения ~ c_within * d_within + subject_id, data = my_data, whichModels = "bottom", whichRandom = "subject_id")

Только для ANOVA между субъектами я должен использовать:

anovaBF (значения ~ a_between * b_between, data = my_data, whichModels = "bottom", whichRandom = "subject_id")

Так что в последнем случае у меня нет +subject_id - иначе я получу Error in base::try(expression, silent = silent) : not enough observations. (Возможно, потому что для subject_id есть только одна строка?)

Два основных вопроса:

1. Вне зависимости от причин, корректирует ли приведенное выше решение?
2. Если решения верны, почему я должен указывать идентификатор субъекта дважды (один раз как whichRandom и один раз в начале как +subject_id) для переменных внутри субъекта, и почему нет, когда есть только между субъектами переменные?

(К вашему сведению, есть связанный вопрос с ответом, но не совсем то, что я хочу знать: https://stats.stackexchange.com/questions/230224/mixed-bayesian-anova-using-bayesfactor-package-in-r)

Answer 1

С https://forum.cogsci.nl/index.php?p=/discussion/5203/bayesfactor-anovabf-syntax:

1. Как правило, да - но я не уверен, что вы хотите использовать whichModels = "bottom" - рекомендуется придерживаться значений по умолчанию (whichModels = "withmain"). Также вы не можете получить BF для F-теста - поскольку BF всегда сравнительны, поэтому, если вы хотите BF для каждого «эффекта», вам нужно подумать, какое сравнение каких двух моделей это может представлять (как в шаге) иерархическая регрессия). Или, возможно, вы захотите попытаться вычислить BF включений с помощью bayestestR::bayesfactor_inclusion() (эквивалент панели эффектов JASP).

2. anovaBF на самом деле вовсе не анова - это на самом деле линейная смешанная модель. Поэтому вам нужно указать +subject_id, поскольку это эффект в вашей модели, но вы также должны указать anovaBF, что это случайный (а не фиксированный) эффект.

Дополнительные полезные ссылки:

https://forum.cogsci.nl/index.php?p=/discussion/2426/type-of-sums-of-squares

https://www.cogsci.nl/blog/interpreting-bayesian-repeated-measures-in-jasp

В любом случае, я буду придерживаться использования bayestestR::bayesfactor_inclusion() с match_models = TRUE; это кажется мне самым простым.