R GWASTools createDataFile () ошибка: «Ошибка ...% в% names (...) не соответствует TRUE»

Question

Я пытаюсь создать файл GDS интенсивности из существующих файлов Illumina, используя функцию GDASTools createDataFile ().

Я пробовал это:

col.nums        <- as.integer(c(1,11,12,13,14))
names(col.nums) <- c("snp", "BAlleleFreq", "LogRRatio", "a1", "a2")
variables       <- c("genotype","BAlleleFreq","LogRRatio")

        intens      <- createDataFile(path="/pathexample/", "/pathexample/IntensityGDS", file.type="gds", variables=variables, snp.annotation=snpAnnot, scan.annotation=scanAnnot, sep.type=",", skip.num=12, col.total=14, col.nums=col.nums, scan.name.in.file=-1, allele.coding="nucleotide", precision="single", compress="LZMA_RA:1M", compress.geno="", compress.annot="LZMA_RA", array.name=NULL, genome.build=NULL, diagnostics.filename="createDataFile.diagnostics.RData", verbose=TRUE)

Ошибка, которую я получаюis:

Error: all(c("snpID", "chromosome", "position", "snpName") %in% names(snp.annotation)) is not TRUE

Однако я знаю, что имена этих столбцов содержатся как в snp.annotation snpAnnotationDataFrame (он же snpAnnot), так и в базовом фрейме данных, который я использовал для создания этого snpAnnotationDataFrame.Например:

varLabels(snpAnnot) 

доходность

"snpName"    "chromosome" "position"   "rsID_real"  "snpID"

Спасибо !!

Answer 1

Очевидно, проблема заключалась в том, что createDataFile () принимает обычные R-кадры данных в аргументах snp.annotation и scan.annotation, а не объект класса «фрейм данных аннотации snp».т. е. не нужно запускать команду SnpAnnotationDataFrame () на вашем фрейме данных, просто вставьте реальный фрейм данных.