Хотя просить людей написать скрипт для вас не по теме StackOverflow, возникает конкретная проблема, такая как «Как запустить многострочную команду Bash из Groovy?» нет, и вот как вы можете это сделать:
$ cat foo.groovy
println (['bash', '-c', '''
for i in $(ls *.fastq.gz | rev | cut -c 10- | rev | uniq)
do
echo $i;
mkdir $i;
done
'''].execute().text)
$ touch mytestfile.fastq.gz
(no output)
$ groovy foo.groovy
mytestfile
$ ls -ld mytestfile
drwxr-xr-x. 1 myuser users 0 Mar 13 09:36 mytestfile
$ groovy --version
Groovy Version: 1.8.9 JVM: 1.8.0_191 Vendor: Oracle Corporation OS: Linux
Это не такая хорошая практика, как встроенная реализация в Groovy, но значительно меньше работы, когда вы не знакомы с языком.