Javascript обрабатывается линейно, поэтому чем больше загруженных данных, тем больше времени это займет. Я хотел бы предложить тип диаграммы с нагрузкой по требованию, показывающий только часть данных одновременно.
В противном случае я бы предложил перейти на Flash / Silverlight (если вы разрабатываете в .NET)
Редактировать
Visifire для Silverlight. это с открытым исходным кодом и можно найти в http://visifire.com/.
Кроме того, MS только что выпустила элементы управления MS Chart (http://code.msdn.microsoft.com/mschart),, для которых требуется .NET FrameWork 3.5 SP1, их можно использовать в WinForms / ASP.NET (сервер отрисовывается с использованием загрузки ASP.NET AJAX по запросу) было бы легко).
FusionCharts бесплатно для Flash: http://www.fusioncharts.com/free/