Как получить ggplot2 geom_bar для построения оси по ее факторам, а не по умолчанию для сортировки - PullRequest
Новая
       43

Как получить ggplot2 geom_bar для построения оси по ее факторам, а не по умолчанию для сортировки

1 голос
/ 08 июля 2019

Я хотел бы построить гистограмму в ggplot2 и сделать так, чтобы график ggplot2 моей оси X был в том же порядке, который я указал в своем столбце Day44 $ Sample. Вот пример (мои реальные данные имеют 59 факторных уровней в столбце Day44 $ Sample. 

Day44 <- data.frame(Sample = c(rep(6, 3), rep(8, 5), rep(12, 8), rep(100, 7), rep("41*", 3), rep("198*", 5)),
                Phylum = c(rep("Proteobacteria", 3), rep("Actinobacteria", 5), rep("Firmicutes", 8), 
                          rep("Chloroflexi", 7), rep("Cyanobacteria", 3), rep("Bacteroidetes", 5)), 
                Rel_Abund = c(rep(2.2, 3), rep(0.15, 5), rep(0.047, 8), rep(1.2, 7), rep(0.33, 3), rep(4.5, 5)))

Я прочитал, что для построения графика в том же порядке, что и мой столбец, я должен «сказать» ggplot2, что у меня уже есть упорядоченный коэффициент - на основе этого поста: Избегайте сортировки по оси x ggplot, пока построение geom_bar ()

После сообщения: 

Day44$Sample <- factor(Day44$Sample, levels = Day44$Sample)

когда я получаю следующую ошибку:

Ошибка в levels<- (*tmp*, значение = as.character (уровни)): коэффициент фактор 2 дублируется

Итак, я нашел этот пост: Предупреждение при определении фактора: дублированные уровни в факторах устарели

и следуя этому примеру (исключая sort, рекомендованное в посте до н.э., мне не нужно его сортировать): 

Day44$Sample <- factor(Day44$Sample, levels = unique(Day44$Sample)

, который я затем граф с: 

ggplot() + geom_bar(aes(x = Sample, y = Rel_Abund, fill = Phylum), data = Day44, stat = 'identity')

И это дает мне хороший барный сюжет, однако; ось х все равно сортируется. Bar Plot

Этот фрагмент кода подсказывает мне ошибку, которая дает: 

factor(unique(Day44$Sample))

6 8 12 100 41 * 198 *

Уровни: 100 12 198 * 41 * 6 8

Как я могу изменить это, чтобы мои уровни были в том же порядке, что и мои уникальные значения для Day44 $ Sample?

Я знаю, что могу вставить их вручную, вот так: 

Day44$Sample <- factor(Day44$Sample, levels = c("6", "8", "12", "100", "41*", "198*"))

создание точного графика, который я хочу, но это не практично, поскольку мои реальные данные имеют 59 уровней, и я должен сделать это также с несколькими другими графиками. Я никогда не закончу делать это вручную.

Есть предложения?

1 Ответ

1 голос
/ 08 июля 2019

Если вы хотите упорядочить уровни факторов в соответствии с порядком их появления в кадре данных, используйте forcats::fct_inorder: 

Day44$Sample = forcats::fct_inorder(Day44$Sample)
...