Если все, что у вас есть, это две ветви с одним коммитом (в большинстве случаев без значимого контента) и только у вас есть вторая ревизия с контентом, если вы хотите создать наименьшую возможную суету, я думаю Вы должны сохранить другую ветку от другого репо, предполагая, что другое репо является «официальным». Как вы идете об этом? На вашем локальном репо сделайте следующее:
git remote add other-repo url-to-other-repo
git fetch --all
git checkout other-repo/other-branch
git cherry-pick my-branch # bring over your meaningful changes... assuming they are all in a single revision at the tip of the branch
# if you like it
git push other-repo HEAD:other-branch
Надеюсь, это поможет.