Эти файлы принадлежат агенту пересылки почты и, возможно, почтовому клиенту пользователя. Другие программы должны идти очень мягко или лучше, но не допускать вообще. Или ваша программа почтовый клиент?
«Чистый» способ сделать это - открыть SMTP или IMAP-соединение с почтовым сервером / MTA и запросить у него куски почты от имени вашего пользователя, используя его учетные данные, которые он вам предоставит.
Для этого есть почтовый API Java, который знает, как это сделать: http://java.sun.com/products/javamail/.