Попробуйте обновить до последней стабильной версии wix. Я протестировал это с Wix 3.0.5419.0, и пути к файлам с пробелами принимаются без ошибок.
Примечание: элементы файла не должны содержать абсолютные пути, как в вашем примере, потому что вы сможете создать установку только на одном компьютере разработчика. Вместо этого используйте пути относительно расположения файла wxs, например:
<File Source="..\bin\foo.exe" />
Или используйте переменную, которая содержит расположение файлов, например:
<File Source="$(var.BinFolder)foo.exe" />
Затем вы можете передать местоположение папки bin, вызвав свечу так:
candle.exe -dBinFolder=c:\someFolder\bin\ foo.wxs
edit : как показал Роб в своем ответе, вы также можете использовать ключ light.exe -b, чтобы указать один или несколько базовых каталогов, в которых можно найти файлы для установки.