Используя Cpanel xMLAPI Client Class или Cpanel API 1 или 2 или любой другой метод - ищите способ перенаправить URL, используя PHP.
Я предполагаю, что любой из этих методов просто добавляет mod_rewrite в файл .htaccess.
ex. mysite.com/myfolder -> mynewsite.com/myfolder
Погуглил, проверил документы SO и Cpanel, но не смог найти способ. Не уверен, если это возможно.