Вы можете использовать концепцию сбора вишни
используйте git log, чтобы проверить все новые коммиты в A
применить все коммиты по одному к ветви B
git cherry pick A11 // assume A1 is the commits , do this in branch B
Убедитесь, что ваша последовательность верна, то есть самая старая и самая новая из всех новых коммитов