Я пытаюсь использовать функцию bbsplit для нескольких файлов. Я сделал:
для i в {17..34}; сделать bash bbmap / bbsplit.sh
in1 =. / temp_expt / Sample_MBM1 $ {I} / MBM $ {я} _R1_001.fastq
in2 =. / temp_expt / Sample_MBM1 $ {я} / MBM1 $ {я} _R2_001.fastq
ref =. / MG1655.fasta,. / MGH78578.fasta,. / GAPDH.fasta basename = out _%. fq
outu1 = clean1.fq outu2 = clean2.fq ambig2 = toss; сделано
Тем не менее, я продолжаю сталкиваться с ошибкой не могу найти файл, как это:
Can't find file ./temp_expt/Sample_MBM118/MBM18*_R1_001.fastq