Как исправить ошибку «Subscript out of bounds» в цикле

Question

Я программирую кривую спецификации для моей дипломной работы бакалавра. Чтобы построить график, который показывает, какие комбинации спецификаций показывают значительный результат, а какие нет, я пытаюсь создать цикл, который приводит к тому, что R тестирует все возможные комбинации. Даже если цикл довольно короткий, есть некоторые сообщения об ошибках и не понимают, как решить проблему.

Прежде всего я создал переменные для определения возможных спецификаций:

outlier <- c("none", "40", "33,40,63", "33,40,54,63")
ineligble <- c("28", "28,38,45,48,56")
gender <- c("together", "male", "female")
regression <- c("ANOVA")
control <- c("none", "premanipulation_mean", "all hormones", "all")

Data.frame "спецификации" определяется следующим образом:

specifications <- expand.grid(outlier = outlier, ineligble = ineligble, gender = gender, regression = regression,
                              control = control)
specifications <- data.frame(specifications, p_value = rep(NA, nrow(specifications)), f_value = rep(NA, nrow(specifications)), 
                             partial_eta_square = rep(NA, nrow(specifications)), r = rep(NA, nrow(specifications)))

Как вы можете видеть, я построил фрейм данных из возможных комбинаций и добавил столбцы для значения p, значения f, частичного квадрата eta и размера эффекта. Чтобы заполнить дополнительные столбцы значениями, я добавил необходимые команды в конце цикла. Цикл выглядит следующим образом:

for(i in 1:nrow(specifications)){
  dat <- ccy
  if (specifications$outlier[i] == "none") {
    dat <- dat
  } else {
    if (specifications$outlier[i] == "40") {
      dat <- dat[-11,]
    } else {
      if (specifications$outlier[i] == "33,40,63") {
        dat <- dat[-c(5,11,31),]
      } else {
        if (specifications$outlier[i] == "33,40,54,63") {
          dat <- dat[-c(5,11,23,31),]
        }
      }
    }
  }
  if(specifications$ineligble == "28") {
    dat <- ccySC
  } else {
    if(specifications$ineligble == "28,38,45,48,56") {
      dat <- ccy
    }
  }
  if (specifications$gender == "together") {
    dat <- dat
  } else {
    if(specifications$gender == "male"){
      dat <- dat[which(dat$gender == "male"),]
    } else {
      if(specifications$gender == "female") {
        dat <- dat[which(dat$gender == "female"),]
      }
    }
  }
  if (specifications$regression == "ANOVA") {
    if (specifications$control == "none") {
      anova <- aov(T_time2_mean ~ posecondition, data = dat)
    } else {
      if (specifications$control == "premanipulation_mean") {
        anova <- aov(T_time2_mean ~ T_time1_mean + posecondition, data = dat)
      } else {
        if(specifications$control == "all hormones") {
          anova <- aov(T_time2_mean ~ T_time1_mean + posecondition + C_time1_mean + C_time2_mean)
        } else {
          if (specifications$control == "all") {
            anova <- aov(T_time2_mean ~ T_time1_mean + posecondition + C_time1_mean + C_time2_mean + sex)
          }
        }
      }
    }
    specifications$p_value[i] <- drop1(anova, test = "F")$"Pr(>F)"[[3]]
    specifications$f_value[i] <- drop1(anova, test = "F")$"F value"[[3]]
    specifications$partial_eta_square[i] <- etaSquared(anova, type = 2, anova = F)$"eta.sq.part"[[2]]
    specifications$r[i] <- sqrt(specifications$partial_eta_square[i])
    specifications$k[i] <- nrow(specifications)
  }
}  

Итак, я хочу, чтобы он заполнил четыре дополнительных столбца значением p, значением f и т. Д. Но я получаю сообщение об ошибке «Нижний индекс за пределами» для следующей строки:

specifications$p_value[i] <- drop1(anova, test = "F")$"Pr(>F)"[[3]]

Я знаю, что означает сообщение об ошибке, но я не знаю, как его решить. При тестировании одной и той же команды на случайном анове вне цикла это работает.

Используемые данные можно найти по следующей ссылке и называется ccy-source-data: https://dataverse.harvard.edu/dataset.xhtml?persistentId=doi:10.7910/DVN/FMEGS6

Answer 1

[[3]] означает, что вы извлекаете информацию в третьей строке таблицы anova.Таблица anova модели без каких-либо элементов управления имеет только две строки.

Если вас, например, интересуют результаты для переменной posecondition, то гораздо безопаснее напрямую поместить соответствующую информацию для этой переменной с помощьюИмена строк, чем предполагать, что он всегда находится в позиции 3.

Вот пример того, как сделать для значения p и значения F:

results <- drop1(anova, test = "F")

specifications[i, c("p_value", "F_value")] <- 
  results["posecondition", c("Pr(>F)", "F value")]