Магазин Google Play старается не обновлять приложение во время его работы, особенно когда оно работает на переднем плане.Но это не всегда может избежать этого.
Что касается того, что происходит, то оно точно такое же, как и для любого другого метода повторной установки или обновления.Google Play использует те же PackageInstaller API , что и все остальные на Android.
Так что вы можете проверить, что происходит, используя adb install -r
( SO вопрос )