Для этого вам нужно будет создать собственного мастера, расширяющего BasicNewFileResourceWizard
Минимальный код будет выглядеть примерно так:
public class FileExtNewFileWizard extends BasicNewFileResourceWizard
{
public FileExtNewFileWizard()
{
super();
}
@Override
public void addPages()
{
super.addPages();
// Get the page created by `super.addPages` and set the default file extension
WizardNewFileCreationPage page = (WizardNewFileCreationPage)getPage("newFilePage1");
page.setFileExtension("css");
}
}