Добавление изменяющихся во времени ковариат к модели в R - PullRequest
Новая
       13

Добавление изменяющихся во времени ковариат к модели в R

0 голосов
/ 14 мая 2019

Я использую пакет marked в R для моделирования изменчивости межгодовой выживаемости для популяции.Я получил фи (кажущийся параметр выживания) и р (вероятность захвата / обнаружения), протестировав несколько моделей (сравнивая значения AIC).

Вот как выглядят мои данные (класс data.frame): 

        ch   Sex   SVL WT1 WT2 WT3 WT4 WT5 WT6 WT7
1    0100000   M 57.10 -15 -16 -21 -26 -16 -14 -21
2    0100000   F 59.43 -15 -16 -21 -26 -16 -14 -21
3    0100000   F 67.57 -15 -16 -21 -26 -16 -14 -21
4    0100000   F 65.10 -15 -16 -21 -26 -16 -14 -21

Где WT1, WT2 и т. Д. - минимальные зимние температуры каждый год, а ch - история захвата за эти годы (0 = отсутствие, 1 = присутствие).

Цель -чтобы получить модель Phi (WT) p (t).Я продолжаю с этим кодом: 

data.proc <- process.data(data.full, model = 'cjs', begin.time = 1)
data.ddl <- make.design.data(data.proc)

# capture-recapture model fitting (crm):
mod.Phit.pt <- crm(data.proc, data.ddl, 
                   model.parameters=list(Phi=list(formula=~time),
                   p=list(formula=~time)),method="Nelder- 
                   Mead",hessian=T)

Это работает, рендеринг модели Phi (t) p (t) 

mod.Phit.WT <- crm(data.proc, data.ddl, 
model.parameters=list(Phi=list(formula=~WT)), 
p=list(formula=~time))

Это не работает, рендеринг ошибки:

Ошибка в crm (data.proc, data.ddl, model.parameters = list (Phi = list (формула = ~ WT)),: аргумент 4 соответствует нескольким формальным аргументам

Должен ли я иметь изменяющийся во времени ковариат WT в другом формате?

...