Я запускаю R-markdown с командной строкой:
Rscript -e "rmarkdown :: render ('BRS_totalRNA.Rmd', output_file = 'BRS_totalRNA.html')"
мой код работал нормально до последнего шага, который заключается в создании файла HTML.
мой код выглядит так:
---
title: "BRS"
author: "Jieqiong Dai"
date: "May 1, 2019"
output: html_document
---
```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```
```{r}
#calculate BRAS-RAS scoring
library(DESeq2)
#reads in total RNA reads count data
rna <- read.csv("/data/daij/project/Chernobyl_phase123/phase1234/corrected_read_count/totalRNA/phase1234_totalRNA_reads_count_ready.csv",header=T,row.names=1)
head(rna)
ncol(rna)
nrow(rna)
#read in sample table
sample <- read.csv("/data/daij/project/Chernobyl_phase123/phase1234/corrected_read_count/totalRNA/tumorVSnormal/phase1234_totalRNA_sample_table_inuse.csv",header=T,row.names=1)
head(sample)
nrow(sample)
ncol(sample)
...
BRS3 <- TB3-TR3
BRS3 <- matrix(BRS3,ncol=1, byrow=T)
colnames(BRS3) <- c("BRS")
rownames(BRS3) <- colnames(top100c_vst_tu)
write.csv(BRS3,"tumor_BRS_totalRNA_183_40.csv")
save.image("totalRNA_BRS.Rdata")
```
## Including Plots
You can also embed plots, for example:
```{r, echo=TRUE}
```
Все файлы выходных данных были сгенерированы и "totalRNA_BRS.Rdata "был успешно сохранен.
сообщение об ошибке:
выходной файл: BRS_totalRNA.knit.md
Ошибка в файле (con," w "): невозможно открытьВызовы соединения: ... pandoc_html_extras_args -> as_tmpfile -> write_utf8 -> writeLines -> file Дополнительно: предупреждающее сообщение: в файле (con, "w"): невозможно открыть файл '/tmp/RtmpB2YFLy/rmarkdown-str9c2b4aaf8416.html': Нет такого файла или каталога Выполнение остановлено
Есть ли у кого-нибудь идеи по этому поводу?
Спасибо!