Несколько вариантов, использующих «удалить последнюю запятую» вместо «удалить третий последний символ»:
s[::-1].replace(",","",1)[::-1]
или
''.join(s.rsplit(",", 1))
Но это довольно уродливо. Чуть лучше это:
a, _, b = s.rpartition(",")
s = a + b
Это может быть лучшим подходом, если вы не знаете позицию запятой (за исключением последней запятой в строке) и вам нужна замена справа. Однако ответ Анурага является более питонным для «удаления третьего последнего символа».