Для компьютерной инженерии (и инженерии в целом, я полагаю) я бы сказал, что MATLAB более актуален. Возможно, он не так хорошо подходит для символической математики, как Mathematica (хотя есть набор инструментов для символической математики, который работает достаточно хорошо), но в инженерном деле вы все равно в основном ищете числовое приближение, так что это не имеет значения.
MATLAB безумно хорош для решения всего, что связано с матрицами (и, между прочим, все, кажется, есть;)) и имеет набор инструментов для всего, что вам может понадобиться, от обработки сигналов, автоматического управления до программирования LEGO Mindstorms.
Я скоро закончу со своими магистрами в области компьютерной инженерии, и я никогда не использовал Mathematica ни в каком курсе, хотя он установлен на довольно многих машинах в университете. MATLAB, с другой стороны, часто используется во всех видах инженерных курсов.