Я думаю, что корень проблемы заключается в том, что код не является сборщиком мусора, пока и страница, и документ не покинут область действия (поправьте меня, если я ошибаюсь).
Подобная проблема описана здесь .
Это проблема с libxml-ruby, но насколько я знаю, nokogiri на самом деле основывается на libxml.
Извините, но я не знаю точных подробностей об этой проблеме. Это просто чтобы указать вам правильное направление.