Преобразуете ли вы пакетные страницы каким-либо образом перед их объединением?Если да, то вам, вероятно, следует использовать другой инструмент, как подсказывает вопрос, на который вы ссылаетесь.В противном случае нет необходимости в начале, просто используйте диапазон страниц, например
pdftk input.pdf cat `seq 1 3 300` output output.pdf