После некоторого изучения и тестирования я обнаружил, что Spring-data вместе с Hibernate правильно справляются с этой ситуацией.
Мой тест основан на чистом Hibernate / JPA, и при использовании двух EntityManager правильно я не вижу изменений, внесенных одним из них в другой (я создал EntityManager как член класса обслуживания во время создания) , Однако, что делает Spring-data, так это то, что он открывает новый Hibernate Session для каждого вызова метода @Transactional и закрывает его, когда это будет сделано.
Таким образом, проблема, скорее, заключается в конкретной бизнес-логике, поскольку она зависит от контекста метода @Transactional, если для него вполне возможно "по возможности" работать с устаревшими данными во время вызова метода.