Ненулевое состояние выхода при попытке установить devtools в R на MacOS - PullRequest
Новая
       39

Ненулевое состояние выхода при попытке установить devtools в R на MacOS

0 голосов
/ 08 июля 2019

Я пытался установить devtools в R на MacOS, сначала используя RStudio:

install.packages("devtools")

, а затем использовать в качестве альтернативы:

install.packages("devtools",lib="/usr/local/Cellar/r/3.6.0_3/lib/R/library")

Это дало ошибки разрешения, поэтому я затем использовал терминал: 

sudo R

затем, используя те же команды, что и в RStudio, для установки пакета, что дало мне следующие ошибки для обеих команд: 

1: In install.packages("devtools", lib = "/usr/local/Cellar/r/3.6.0_3/lib/R/library") :
  installation of package ‘xml2’ had non-zero exit status

2: In install.packages("devtools", lib = "/usr/local/Cellar/r/3.6.0_3/lib/R/library") :
  installation of package ‘roxygen2’ had non-zero exit status

3: In install.packages("devtools", lib = "/usr/local/Cellar/r/3.6.0_3/lib/R/library") :
  installation of package ‘devtools’ had non-zero exit status

У меня нет опыта использования R, а упомянутые онлайн решения при использовании Ubunu или CentOS не работают.

Пожалуйста, дайте мне знать, если у вас есть предложения о том, как установить devtools и что является причиной этих ошибок, любые предложения будут высоко оценены. Заранее спасибо!

Использование зависимостей = TRUE выполняет гораздо больше установок, но все равно дает следующий результат: 

The downloaded source packages are in
    ‘/private/tmp/RtmptCt93z/downloaded_packages’
Warning messages:
1: In install.packages("devtools", dependencies = TRUE) :
  installation of package ‘xml2’ had non-zero exit status

2: In install.packages("devtools", dependencies = TRUE) :
  installation of package ‘RCurl’ had non-zero exit status

3: In install.packages("devtools", dependencies = TRUE) :
  installation of package ‘rvest’ had non-zero exit status

4: In install.packages("devtools", dependencies = TRUE) :
  installation of package ‘roxygen2’ had non-zero exit status

5: In install.packages("devtools", dependencies = TRUE) :
  installation of package ‘rversions’ had non-zero exit status

6: In install.packages("devtools", dependencies = TRUE) :
  installation of package ‘spelling’ had non-zero exit status

7: In install.packages("devtools", dependencies = TRUE) :
  installation of package ‘rsconnect’ had non-zero exit status

8: In install.packages("devtools", dependencies = TRUE) :
  installation of package ‘foghorn’ had non-zero exit status

9: In install.packages("devtools", dependencies = TRUE) :
  installation of package ‘devtools’ had non-zero exit status

10: In install.packages("devtools", dependencies = TRUE) :
  installation of package ‘pkgdown’ had non-zero exit status

Я попытался вручную добавить путь, показанный в RStudio, в мой .bash_profile, в результате чего мой терминал больше не знал никаких команд (sudo, nano и т. Д.), Какой путь будет правильным для этого, возможно, это путь R проблема? 

> R.home()
[1] "/usr/local/Cellar/r/3.6.0_3/lib/R"

1 Ответ

1 голос
/ 09 июля 2019

Я наконец-то решил эту проблему, загрузив devtools напрямую через https://cran.r -project.org / web / packages / devtools / devtools.pdf (в соответствии с предложением @NelsonGon)

Затем переместите эту папку в R.home () / library

затем запускаем devtools с помощью sudo в терминале для установки пакетов github.

...